После событий второго фильма саги капитан Джеймс Кирк переживает тяжелую утрату: его лучший друг Спок погиб, спасая экипаж «Энтерпрайза», а доктор Мак-Кой ведёт себя странно и теряет контроль над собой. Внезапный визит отца Спока, посла Вулкана Зарека, открывает Кирку шанс на возвращение друга — разум Спока не исчез, он временно помещён в сознание Мак-Коя, а его тело хранится на планете...
